Dopo vari tentativi per rispondere a questa esigenza pastorale, Scalabrini fondò la Congregazione delle Suore Missionarie di San Carlo Borromeo, Scalabriniane. La fondazione avvenne il 25 ottobre 1895 con l’ammissione ai voti religiosi, la consegna del Crocifisso e l’invio missionario delle prime quattro suore – Carolina Marchetti, Assunta Marchetti, Angela Larini e Maria Franceschini – preparate, riunite e presentate a Scalabrini da Padre Giuseppe Marchetti, missionario scalabriniano, e cofondatore della Congregazione, il quale molto contribuì  per sostenere  lo spirito di generosità missionaria scalabriniana dei primi membri della nuova congregazione femminile. L’Orfanotrofio Cristoforo Colombo, Ipiranga, in San Paolo – Brasile, accolse la prima comunità delle suore Missionarie di San Carlo Borromeo, Scalabriniane (MSCS) e gli orfani là accolti furono i primi destinatari della sua missione.

L’inizio della Congregazione fu accompagnato da successive difficoltà. Tuttavia, fu un tempo ricco di frutti di santità e di affermazione dell’identità congregazionale. Grazie alla fedeltà carismatica della cofondatrice, Madre Assunta Marchetti, sorella di Padre Giuseppe Marchetti, l’identità della congregazione si affermò nella Chiesa. Il decreto di Pio XI, del 13 gennaio 1934, approvando ad experimentum, per sette anni, le nuove costituzioni, legittimò la Congregazione come Istituto Religioso di Diritto Pontificio. Dopo il Concilio Vaticano II le costituzioni furono rinnovate, e entrarono in vigore ad experimentum nel Natale del 1971 e approvate definitivamente nel giorno di Scalabrini, il 1° giugno 1985.

Fece seguito un’epoca di fioritura vocazionale e di espansione della Congregazione.  Nel 1936, la Congregazione era ritornata al luogo di partenza delle quattro pioniere, a Piacenza, in Italia; nel 1941 altre quattro missionarie provenienti dal Brasile, avevano iniziato la missione negli Stati Uniti. La sede generale rimase in Brasile fino al 1960, anno in cui venne trasferita dal Brasile all’Italia, prima ad Acilia, periferia di Roma, e poi dal 1982 nella sede attuale di Roma.

Oggi la Congregazione è presente in 27 paesi, con circa 500 Suore ed è formata da tre Province: la Provincia di San Giuseppe, con sede a Piacenza, Italia; la Provincia di Nostra Signora di Fatima, con sede a Melrose Park, IL, USA; la Provincia Maria, Madre dei Migranti, con sede a San Paolo, SP, Brasile; e da una delegazione, con sede a Manila, nelle Filippine.

La reinterpretazione del carisma fatta in occasione del capitolo speciale, 1969-1971, soprattutto l’opzione per il servizio pastorale con i migranti di tutte le nazionalità, favorì una maggiore internazionalizzazione della Congregazione delle Suore Missionarie di San Carlo Borromeo Scalabriniane. 

Fedele alla missione che la Chiesa le ha affidato, la Congregazione ha come finalità propria il servizio evangelico – missionario ai migranti, di preferenza ai più poveri e bisognosi. Lo spirito che anima la Congregazione è quello della comunione universale perché intende rendere visibile la vocazione dei membri di riconoscere e amare Cristo nella persona del migrante.

La formazione iniziale delle Suore Missionarie Scalabriniane comprende le seguenti tappe: aspirantato, postulato, noviziato e juniorato, e si svolge in diversi Paesi, cercando di offrire alle giovani un processo di discernimento vocazionale in vista della loro opzione definitiva per Gesù Cristo pellegrino e per un inserimento missionario nel mondo della mobilità umana, perché possano crescere nell’universalità del carisma. La Congregazione conta attualmente quindici (15) case di formazione: Manila (Filippine), Maumere (Indonesia), Luanda e Uigi (Angola), São Pedro de Macoris (Repubblica Dominicana), Merlrose Park, IL (USA), Roma e Casaliggio di Gragnano (Italia), Canoas e Passo Fundo – RS, Potim – SP, Fortaleza – CE (Brasile), Santa Rita (Paraguay) e Bogotá (Colombia). Le Juniores vivono in comunità, assumendo gli impegni della vita fraterna e missionaria e si dedicano agli studi accademici, approfondendo la conoscenza dei vari ambiti di attività missionaria della Congregazione. Durante il 5° anno di Juniorato, le giovani suore partecipano al Progetto di Juniorato Congregazionale ad Acilia, Roma (Italia), per un anno intensivo di formazione e accompagnamento in preparazione alla professione perpetua dei voti religiosi.